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Pepe es un nombre hipocorístico, es decir, que suplanta al nombre original con intención afectuosa.
Una etimología errónea dice que su origen tiene bastante que ver con la adopción porque sostiene que proviene de las siglas de la expresión Pater Putativus («padre putativo») otorgado a San José como marido de la Virgen María.
Y para ver su supuesta relación con la adopción basta con comprobar el significado de «putativo»: Que se tiene por padre, hermano o cualquier otro familiar, sin serlo. Es decir, que San José era padre putativo de Jesús.
Sin embargo, la realidad es más prosaica porque Pepe es simplemente una forma reducida de Jusepe, antigua versión española de «José».